本作是為了紀(jì)念在1996年起開始的《游戲王》系列漫畫連載二十周年所推出的動畫電影。在跨越無數(shù)的試練后，武藤游戲與身體內(nèi)的另一人格“暗游戲”進(jìn)行最終決戰(zhàn)并獲勝，在作出正式訣別后踏上各自的旅途。在經(jīng)歷一段時間后，游戲等人重新回歸平凡的生活。然而，一名自稱藍(lán)神的神秘少年卻出現(xiàn)在他們的眼前。另一方面，將暗游戲視為勁敵的海馬瀨人，在暗游戲消失的地方發(fā)掘“千年積木”并打算將其重新完成，試圖再度復(fù)活暗游戲。
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